В Ханкенди функционируют два водоочистных комплекса.
Как сообщили АПА-Экономикс в пресс-службе Государственного агентства водных ресурсов Азербайджана, источником питьевой воды для Комплекса №1 является река Халфали, а Комплекс №2 водой снабжают реки, проходящие через села Джамилли и Баллыджа.
В городе 10 субартезианских скважин. Вода очищается и подается в городскую сеть через водоочистные устройства.